Examinando la carpeta con el Explorador de Windows podemos ver que contiene un archivo desktop.ini con atributos de sistema y oculto. Examinando podemos ver que contiene algo parecido a lo siguiente:
[.ShellClassInfo]Ahora con esta información podemos copiar este archivo desktop.ini, agregarlo a las carpetas de los programas que queremos, y modificar para que use nuestros iconos. Hacemos que IconFile apunte a un archivo .ico, y IconIndex=0.
IconIndex=42
IconFile=C:\Program Files\Program\MyProgram.exe
Podemos consultar el articulo de Microsoft Customizing Folders with Desktop.ini, para saber que otras opciones tenemos disponibles.
* Esto funciona en cualquier carpeta, por ejemplo también funciona en las del Menú de Inicio.